Setor que se responsabiliza no monitoramento, sistematização e avaliação da assistência aos agravos à saúde que estão sob notificação compulsória, por exemplo: tuberculose, meningite, rubéola, sarampo, entre outras.
O paciente com tuberculose faz o seu tratamento supervisionado, isto é, ele vem todos os dias para tomar a sua medicação, com supervisão dos técnicos da vigilância epidemiológica na unidade.
As visitas domiciliares, convocação de exames laboratoriais alterados, atividades de educação em saúde são outras atividades do setor.