A Endoscopia teve como precursor Chevalier Jackson que em 1904, na Filadélfia, estabeleceu as bases de uma nova especialidade, que chamou de Broncoesofagologia, padronizando o arsenal endoscópico e criando o primeiro centro de treinamento. No Brasil, um dos pioneiros que se aventurou a estagiar na Clínica de Jackson, foi o Dr. Plínio de Mattos Barretto, formado na Faculdade de Medicina da USP em 1934 que, após retornar ao Brasil em 1936, foi convidado a montar o Serviço de Endoscopia nas duas Clínicas de Otorrinolaringologia da Santa Casa que, na época, era o Hospital Escola da USP.(em 1937, na clínica chefiada pelo Dr. Antonio de Paula Santos, ligada à USP, e em 1938, na clínica chefiada pelo Dr. Mario Ottoni de Rezende). Em 1945, com o início do funcionamento do Hospital das Clínicas o Dr. Plínio para lá se transferiu, deixando o Dr. Homero do Amaral, recém chegado de estágio na Clínica de Chevalier Jackson, que permaneceu na chefia até 1948. Em 1949, o Dr. Jorge Barretto Prado, formado em 1944 pela Escola Paulista de Medicina, tendo estagiado no Hospital das Clínicas, foi convidado pelo Dr. Mario Ottoni de Rezende a assumir a chefia. Com o Dr. Jorge Barretto Prado foram realizadas ampliações nas instalações e a partir de 1950 criou-se um serviço autônomo, não mais ligado à Otorrinolaringologia, com a denominação de Serviço de Endoscopia Peroral.

Nessa época o Serviço de Endoscopia além da endoscopia da laringe, traquéia, brônquios e esôfago, com instrumental rígido, também realizava cirurgias de pescoço, principalmente de laringe, tanto as microcirurgias endoscópicas como as cirurgias abertas. Na década de 60 foi adquirido um gastroscópio semiflexível de Benedict iniciando-se a realização de endoscopias gástricas. O Serviço foi gradativamente ampliado, sendo que no início dos anos 70, contava com duas salas de endoscopia e três enfermarias com um total de vinte leitos para homens, mulheres e crianças.

Em 1975 foram adquiridos os três primeiros fibroscópios, dois para endoscopia digestiva e um broncofibroscópio. Em 1981 foi adquirido o primeiro duodenoscópio sendo então iniciadas as atividades dedicadas à colangiopancreatografia. Em 1984 após o falecimento do Dr. Jorge Barretto Prado, o serviço passou a ser chefiado pelo Dr. Seiji Nakakubo. Com passar dos anos o interesse pela atividade endoscópica foi se sobrepondo ao das cirurgias de pescoço e, em 1991, com a criação da Disciplina de Cabeça e Pescoço no Departamento de Cirurgia, as cirurgias até então realizadas pela Endoscopia passaram para a nova Disciplina. Após esta alteração a Endoscopia ampliou suas instalações para procedimentos endoscópicos, passando a contar com quatro salas de endoscopia, uma sala de repouso, uma de recuperação anestésica e um espaço maior para as atividades didáticas.
Em 1998 o serviço incorporou em suas atividades a Ecoendoscopia setorial.

Em parceria com a Clínica de Coloproctologia , a partir de 2005, os residentes do Serviço de Endoscopia passaram a participar das colonoscopias, que atualmente são realizadas na área física do serviço.
Com o início das atividades do Ambulatório de Especialidade Dr. Geraldo Borroul, em 2006, foi criada uma nova unidade da Endoscopia com mais duas salas para endoscopia e, ainda no final deste ano, a enteroscopia de duplo-balão foi incorporada no hall de exames realizados no serviço.
Quanto às atividades de ensino, o Serviço de Endoscopia é Disciplina do Departamento de Cirurgia, tendo participação didática com aulas de graduação para 2º e 4º ano e no internato do 6º ano com estágio curricular obrigatório de uma semana.

Na formação da especialidade, o Serviço de Endoscopia conta com Residência em Endoscopia desde 1969, de dois anos com opção para 3º ano, com pré-requisito em Cirurgia Geral ou Clínica Médica. A residência foi suspensa em 1996, tendo sido retomada em 2005 após reformulação aprovada pelo MEC. Além da residência, há o Curso de Especialização em Endoscopia, também de dois anos, com programação idêntica à da residência e o curso de aperfeiçoamento, de um mês a um ano, para quem já fez residência ou especialização, que visa o aprimoramento em procedimentos específicos.