A área de Inovação Tecnológica do ISANTACASA foi criada com o objetivo de fomentar o processo de inovação tecnológica na instituição e incentivar o desenvolvimento dos recursos humanos através de cursos de capacitação.

A essa área compete também realizar projetos de pesquisa em todas as novas tecnologias com o intuito de balizar a Instituição e os Órgãos de Saúde Municipais, Estaduais e Federais quanto à viabilidade técnica, econômica e social da nova tecnologia em teste.